Sağlık Hizmetleri Uygulama ve Araştırma Merkezi 28.04.2005 tarihinde kurulmuştur. 2007 yılında tamamlanan ek bina ile birlikte Merkez  Kampüste  5400 metrekare kapalı alanda acil servis,poliklinikler,laboratuvarlar,görüntüleme merkezi,ameliyathaneler,yoğun bakımlar,doğum salonu,ve servis hasta odalarından oluşan yataklı tedavi kurumu ile 17.10.2011 tarihine kadar 3. basamak Üniversite Hastanesi olarak sağlık hizmeti verilmiştir.                                             

          05.12.2007 tarih 2007/12785 Sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Tıp Fakültesi Kurulmuş 2009/2010 Eğitim Öğretim Yılı Güz Döneminde ilk öğrenci alımı yapılmıştır.

           Üniversitesi Rektörlüğü ve Sağlık Bakanlığı arasında 17.10.2011 tarihinde  yapılan protokol ile  Sağlık Bakanlığı Kütahya Evliya Çelebi Devlet Hastanesi ve bağlı birimlerin Üniversite ve Bakanlık tarafından birlikte kullanılması usulüne geçilmiştir.          

             18 Mayıs 2018 tarih 7141 sayılı kanunla kurulan Sağlık Bilimleri Üniversitesinde  Hastaneler Başmüdürlüğü olarak birim faaliyetlerine devam etmektedir.(Kütahya Sağlık   Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi olarak bütçede Kurumsal Kod verilmiştir.)  

           19.06.2020 tarihinde Sağlık Bilimleri  Üniversitesi Rektörü ile Sağlık Bakanlığı adına Kamu Hastaneleri Genel Müdürü arasında 6 yıllığına “Birlikte kullanım Protokolü”  imzalanmıştır.

           Hastaneler Başmüdürlüğü kadrosunda bulunan bir kısım personel Üniversite Rektörlüğünce görevlendirilerek,  KSBU Evliya çelebi Eğitim ve Araştırma Hastanesinde ve 28.12.2020 tarihinde faaliyetine başlayan Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ağız ve Diş Sağlığı Uygulama ve  Araştırma    Merkezinde çalışmaya başlamıştır.